تؤثر حساسيات الطعام بشكل كبير على نشاط الأمعاء، مما يؤدي إلى تفاقم أعراض متلازمة القولون العصبي. يتضمن ذلك صعوبة في الهضم وامتصاص بعض الكربوهيدرات، مما يسبب الغازات والانتفاخ. غالبًا ما تكون الأطعمة مثل القمح واللاكتوز محفزات شائعة. اتباع نظام غذائي خاص يمكن أن يخفف من الأعراض لبعض الأشخاص.